SKILLEMALL.ai
GitHub ↗ EN Войти

CC nextflow-development

Запуск биоинформатических конвейеров nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) на данных секвенирования. Используйте при анализе данных RNA-seq, WGS/WES или ATAC-seq — либо локальных FASTQ, либо общедоступных наборов данных из GEO/SRA. Запускается по nf-core, Nextflow, анализу FASTQ, вызову вариантов, экспрессии генов, дифференциальной экспрессии, повторному анализу GEO, доступу к GEO/GSM/SRR или созданию образцов.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Run nf-core bioinformatics pipelines (rnaseq, sarek, atacseq) on seque…»

Run nf-core bioinformatics pipelines (rnaseq, sarek, atacseq) on sequencing data. Use when analyzing RNA-seq, WGS/WES, or ATAC-seq data—either local FASTQs or public datasets from GEO/SRA. Triggers on nf-core, Nextflow, FASTQ analysis, variant calling, gene expression, differential expression, GEO reanalysis, GSE/GSM/SRR accessions, or samplesheet creation.

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills Agent Skills автор: FreedomIntelligence 22 файла · 10 скриптов тело ≈ 2 104 токенов Открыть источникgithub.com↗ проанализирован 14 ч назад

Запуск биоинформатических конвейеров nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) на данных секвенирования.

Как процесс C 53/100 · Есть пробелы — слабые места: результат и критерий готовности, входы и предусловия, повторный запуск

ПроцедураDockerИнфраструктуратип и темы размечены автоматически по тексту скилла
Запускается в: Claude / Claude Code ChatGPT / Codex Gemini CLI Cursor GitHub Copilot / VS Code Qwen Code Kimi Code CLI Z.ai (GLM) DeepSeek (Deep Code) Mistral Vibe LangChain (deepagents) OpenClaw Goose OpenCode
JSON
Технический рейтинг
C
86/100
безопасность, качество, тесты
Безопасность 60%
82
Качество 40%
92
Прогон на моделях
не было
Процессный рейтинг
C
53/100
Есть пробелы
Результат и критерий готовности вес 14
0
Входы и предусловия вес 11
0
Отчётность по ходу вес 2
0
три самых слабых из десяти параметров · все десять

Чем это грозит

Находки средней серьёзности: скорее всего скилл честный, но прочитайте, что именно насторожило сканер.

Опасные команды средняя серьёзность

Ниже описан худший случай для этой категории. Здесь находка средней серьёзности: guard увидел признак, но не доказательство.

Если установить

Скилл содержит команды, которые удаляют файлы, переписывают диски или исполняют код, скачанный из сети. Агент может выполнить их без вопроса, если считает, что так требует инструкция.

Автору

Замените разрушительные команды на безопасные аналоги с подтверждением, ограничьте область действия конкретной папкой и не тяните код через curl | bash: укажите версию и контрольную сумму.

Как улучшить

    Для прогона на моделях — необязательно
    • Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
    • spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.

    Находки guard · 6

    ✓ Критических и высоких находок нет

    Средние и низкие: 6
    • средняя Опасные команды cmd-pipe-to-shell references/installation.md:15
      Скачивание и запуск удалённого кода с неизвестного хоста (pipe в shell) (хост вендора самого скилла)
      curl -s https://get.nextflow.io | bash
      vendor-host
    • средняя Опасные команды cmd-shell-rc references/installation.md:56
      Запись в файл автозагрузки shell (.bashrc / .zshrc / .profile)
      echo 'export NXF_SINGULARITY_CACHEDIR="$HOME/.singularity/cache"' >> ~/.bashrc
    • средняя Опасные команды cmd-shell-rc references/installation.md:94
      Запись в файл автозагрузки shell (.bashrc / .zshrc / .profile)
      echo 'export PATH="$HOME/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
    • низкая Опасные команды cmd-background-process references/installation.md:29
      Запуск фонового / автозапускаемого процесса
      sudo systemctl enable --now docker
    • низкая Опасные команды cmd-pipe-to-shell scripts/check_environment.py:120
      Скачивание и запуск удалённого кода с неизвестного хоста (pipe в shell) (строковый литерал в коде, не выполняется; хост вендора самого скилла)
      fix="curl -s https://get.nextflow.io | bash && mv nextflow ~/bin/ && export PATH=$HOME/bin:$PATH"
      строка в кодеvendor-host
    • низкая Опасные команды cmd-pipe-to-shell SKILL.md:75
      Скачивание и запуск удалённого кода с неизвестного хоста (pipe в shell) (строка таблицы в документации; хост вендора самого скилла)
      | Not installed | `curl -s https://get.nextflow.io \| bash && mv nextflow ~/bin/` |
      таблицаvendor-host

    Просканировано файлов: 22. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.

    По спецификации Agent Skills

    • заметка edit-residue в тексте есть пометки об устаревшем (строки 185): проверьте, не остались ли старые правила рядом с новыми — полная проверка читает текст на противоречия

    Процессный рейтинг: все десять параметров 53/100

    • 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
    • 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
    • 0Отчётность по ходу. Скилл ничего не сообщает по ходу работы
    • 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 3, без проверки текущего состояния
    • 55Ошибки и развилки. Развилок: 1
    • 60Инструменты и файлы. Используются инструменты (bash, web), но во frontmatter они не объявлены
    • 70Когда включается. Сказано, когда применять, но не сказано, когда не стоит
    • 85Шаги. Шагов: 33, расплывчатых формулировок: 1
    • 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
    • 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 2104 токенов
    • low Разделов верхнего уровня: 13. Похоже на несколько доменов в одном скилле

    Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.

    Сигналы качества

    • +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
    • +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
    • +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
    • +2Инструкции на одном языке
    • +3Длина description 359 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
    • +4Структура: 26 заголовков
    • +3Пошаговые инструкции: 33 пунктов
    • +4Есть примеры (16 блоков кода)
    • +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (3 из 3)
    • +3Все 5 скриптов описаны в инструкциях
    • +1Лицензия указана

    База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 92.