BC tooluniverse-epigenomics

Готовая к производству обработка геномных и эпигеномных данных для запросов BixBench. Обрабатывает анализ метилирования (фильтрация CpG, дифференциальное метилирование, обнаружение CpG, связанных с возрастом, плотность на уровне хромосом), анализ пиков ChIP-seq (определение пиков, обогащение мотивов, статистика покрытия), анализ доступности хроматина ATAC-seq, интеграцию мультиомиксных данных (корреляция экспрессии и метилирования) и общегеномную статистику. Чистые вычисления на Python (pandas, scipy, numpy, pysam, statsmodels) плюс инструменты аннотации ToolUniverse (Ensembl, ENCODE, SCREEN, JASPAR, ReMap, RegulomeDB, ChIPAtlas). Поддерживает BED, BigWig, матрицы бета-значений метилирования, файлы манифеста Illumina и клинические данные для нескольких образцов. Используйте при обработке данных метилирования, пиков ChIP-seq, сигналов ATAC-seq или при ответах на вопросы о сайтах CpG, дифференциальном метилировании, доступности хроматина, гистоновых метках или эпигеномной статистике.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Production-ready genomics and epigenomics data processing for BixBench…»

Production-ready genomics and epigenomics data processing for BixBench questions. Handles methylation array analysis (CpG filtering, differential methylation, age-related CpG detection, chromosome-level density), ChIP-seq peak analysis (peak calling, motif enrichment, coverage stats), ATAC-seq chromatin accessibility, multi-omics integration (expression + methylation correlation), and genome-wide statistics. Pure Python computation (pandas, scipy, numpy, pysam, statsmodels) plus ToolUniverse annotation tools (Ensembl, ENCODE, SCREEN, JASPAR, ReMap, RegulomeDB, ChIPAtlas). Supports BED, BigWig, methylation beta-value matrices, Illumina manifest files, and multi-sample clinical data. Use when processing methylation data, ChIP-seq peaks, ATAC-seq signals, or answering questions about CpG sites, differential methylation, chromatin accessibility, histone marks, or epigenomic statistics.

Готовая к производству обработка геномных и эпигеномных данных для запросов BixBench.

Как процесс C 55/100 · Есть пробелы — слабые места: входы и предусловия, стоимость исполнения, повторный запуск