SKILLEMALL.ai
GitHub ↗ EN Войти

CC tooluniverse-gene-enrichment

Выполнение комплексного обогащения генов и анализа путей с использованием gseapy (ORA и GSEA), PANTHER, STRING, Reactome и более 40 инструментов ToolUniverse. Поддерживает обогащение GO (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark и более 220 библиотек Enrichr. Обрабатывает несколько типов идентификаторов (символы генов, Ensembl, Entrez, UniProt), несколько организмов (человек, мышь, крыса, муха, червь, дрожжи), настраиваемые фоны и коррекцию множественного тестирования (BH, Bonferroni). Используйте, когда пользователи спрашивают об обогащении генов, анализе путей, обогащении терминов GO, анализе путей KEGG, GSEA, анализе избыточной представленности, функциональной аннотации или анализе наборов генов.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Perform comprehensive gene enrichment and pathway analysis using gseap…»

Perform comprehensive gene enrichment and pathway analysis using gseapy (ORA and GSEA), PANTHER, STRING, Reactome, and 40+ ToolUniverse tools. Supports GO enrichment (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark, and 220+ Enrichr libraries. Handles multiple ID types (gene symbols, Ensembl, Entrez, UniProt), multiple organisms (human, mouse, rat, fly, worm, yeast), customizable backgrounds, and multiple testing correction (BH, Bonferroni). Use when users ask about gene enrichment, pathway analysis, GO term enrichment, KEGG pathway analysis, GSEA, over-representation analysis, functional annotation, or gene set analysis.

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills Agent Skills автор: FreedomIntelligence 13 файлов · 2 скрипта тело ≈ 3 777 токенов Открыть источникgithub.com↗ проанализирован 14 ч назад

Выполнение комплексного обогащения генов и анализа путей с использованием gseapy (ORA и GSEA), PANTHER, STRING, Reactome и более 40 инструментов ToolUniverse.

Как процесс C 58/100 · Есть пробелы — Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: ../tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md, ../tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md, ../tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md

АнализаторДанные и аналитикаРазработкаТексты и документытип и темы размечены автоматически по тексту скилла
Запускается в: Claude / Claude Code ChatGPT / Codex Gemini CLI Cursor GitHub Copilot / VS Code Qwen Code Kimi Code CLI Z.ai (GLM) DeepSeek (Deep Code) Mistral Vibe LangChain (deepagents) OpenClaw Goose OpenCode
JSON
Технический рейтинг
C
87/100
безопасность, качество, тесты
Безопасность 60%
90
Качество 40%
83
Прогон на моделях
не было
Процессный рейтинг
C
58/100
Есть пробелы
Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: ../tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md, ../tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md, ../tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md
Инструменты и файлы вес 18
0
Результат и критерий готовности вес 14
0
Отчётность по ходу вес 2
0
три самых слабых из десяти параметров · все десять

Как улучшить

  1. В тексте есть ссылки на отсутствующие файлы: добавьте файлы или уберите ссылки.
Для прогона на моделях — необязательно
  • Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
  • spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.

Находки guard · 10

✓ Критических и высоких находок нет

Средние и низкие: 10
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token references/enrichr_guide.md:152
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (определение детектора / чёрного списка)
    - `Desc…021` - Human developmental cell types
    детектор
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token references/enrichr_guide.md:153
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `Alle…021` - Brain cell types
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token references/enrichr_guide.md:177
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `TRRU…019` - Human TF regulatory relationships
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token references/enrichr_guide.md:186
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `ENCO…015` - ENCODE histone ChIP-seq
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token references/enrichr_guide.md:202
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `COMP…025` - Experimental protein localization
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token SKILL_OLD.md:1068
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `Desc…021`
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token SKILL_OLD.md:1069
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `Alle…021`
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token SKILL_OLD.md:1077
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `ENCO…015`
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token SKILL_OLD.md:1083
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `COMP…025`, `COMP…025`
    в кавычках
  • низкая Секреты в коде secret-high-entropy-token SKILL_OLD.md:1084
    Строка, похожая на токен (может быть id, хеш или секрет) (в кавычках — упоминание, а не команда)
    - `DepM…023`
    в кавычках

Просканировано файлов: 12. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.

По спецификации Agent Skills

  • предупреждение missing-ref ссылка на отсутствующий файл: ../tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md
  • предупреждение missing-ref ссылка на отсутствующий файл: ../tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md
  • предупреждение missing-ref ссылка на отсутствующий файл: ../tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md
  • предупреждение missing-ref ссылка на отсутствующий файл: ../tooluniverse-protein-interactions/SKILL.md

Процессный рейтинг: все десять параметров 58/100

Не запустится. Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: ../tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md, ../tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md, ../tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md
  • 0Инструменты и файлы. Не хватает 4 файла(ов): ../tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md, ../tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md, ../tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md
  • 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
  • 0Отчётность по ходу. Скилл ничего не сообщает по ходу работы
  • 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 3, без проверки текущего состояния
  • 70Входы и предусловия. Входные данные и предусловия перечислены
  • 85Шаги. Шагов: 46, расплывчатых формулировок: 1
  • 100Когда включается. Сказано, когда применять и когда не применять
  • 100Ошибки и развилки. Развилок: 1, есть раздел про ошибки
  • 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
  • 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 3777 токенов
  • low Разделов верхнего уровня: 13. Похоже на несколько доменов в одном скилле

Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.

Сигналы качества

  • +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
  • +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
  • +1Лицензия не указана
  • +2Инструкции на одном языке
  • +4Описание говорит, когда скилл НЕ применять
  • +3Длина description 640 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
  • +4Структура: 26 заголовков
  • +3Пошаговые инструкции: 46 пунктов
  • +4Есть примеры (12 блоков кода)
  • +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (5 из 5)
  • +3Все 1 скриптов описаны в инструкциях

База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 83.