SKILLEMALL.ai
GitHub ↗ EN Войти

BD bulk-rnaseq

Подготавливает выходные данные bulk RNA-seq FASTQ, Salmon, STAR или featureCounts для дифференциальной экспрессии на уровне генов. Охватывает nf-core/rnaseq и автономную квантификацию, биологическую репликацию, направленность, происхождение эталона, проверенную сборку подсчетов и передачу PyDESeq2. Используйте для анализа FASTQ-to-counts, конфигурации nf-core/rnaseq, квантификации STAR/Salmon или построения матрицы подсчетов для DESeq2. Для одноклеточных данных используйте scanpy; для статистического моделирования используйте pydeseq2.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Prepares bulk RNA-seq FASTQ, Salmon, STAR or featureCounts output for…»

Prepares bulk RNA-seq FASTQ, Salmon, STAR or featureCounts output for gene-level differential expression. Covers nf-core/rnaseq and standalone quantification, biological replication, strandedness, reference provenance, validated count assembly and a PyDESeq2 handoff. Use for FASTQ-to-counts analysis, nf-core/rnaseq configuration, STAR/Salmon quantification, or building a counts matrix for DESeq2. For single-cell data use scanpy; for statistical fitting alone use pydeseq2.

K-Dense-AI/claude-scientific-skills Agent Skills автор: K-Dense-AI MIT 8 файлов · 3 скрипта тело ≈ 3 981 токенов Открыть источникgithub.com↗ проанализирован 12 ч назад

Подготавливает выходные данные bulk RNA-seq FASTQ, Salmon, STAR или featureCounts для дифференциальной экспрессии на уровне генов.

Как процесс D 38/100 · Процесс не доведён — Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: scripts/run_enrichment.py

ПроцедураGitHubДанные и аналитикатип и темы размечены автоматически по тексту скилла
Запускается в: Claude / Claude Code ChatGPT / Codex Gemini CLI Cursor GitHub Copilot / VS Code Qwen Code Kimi Code CLI Z.ai (GLM) DeepSeek (Deep Code) Mistral Vibe LangChain (deepagents) OpenClaw Goose OpenCode
JSON
Технический рейтинг
B
92/100
безопасность, качество, тесты
Безопасность 60%
100
Качество 40%
80
Прогон на моделях
не было
Процессный рейтинг
D
38/100
Процесс не доведён
Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: scripts/run_enrichment.py
Инструменты и файлы вес 18
0
Результат и критерий готовности вес 14
0
Входы и предусловия вес 11
0
три самых слабых из десяти параметров · все десять

Как улучшить

  1. В тексте есть ссылки на отсутствующие файлы: добавьте файлы или уберите ссылки.
Для прогона на моделях — необязательно
  • Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
  • spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.

Находки guard · 0

✓ Критических и высоких находок нет

Просканировано файлов: 8. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.

По спецификации Agent Skills

  • предупреждение missing-ref ссылка на отсутствующий файл: scripts/run_enrichment.py

Процессный рейтинг: все десять параметров 38/100

Не запустится. Скилл ссылается на файлы, которых нет в архиве: scripts/run_enrichment.py
  • 0Инструменты и файлы. Не хватает 1 файла(ов): scripts/run_enrichment.py
  • 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
  • 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
  • 0Ошибки и развилки. Линейный процесс без обработки сбоев
  • 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 4, без проверки текущего состояния
  • 70Когда включается. Сказано, когда применять, но не сказано, когда не стоит
  • 85Шаги. Шагов: 42, расплывчатых формулировок: 1
  • 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
  • 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 3981 токенов
  • 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы
  • low Разделов верхнего уровня: 13. Похоже на несколько доменов в одном скилле

Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.

Сигналы качества

  • +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
  • +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
  • +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
  • -31 из 3 скриптов не упомянуты в SKILL.md
  • +2Инструкции на одном языке
  • +3Длина description 476 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
  • +4Структура: 17 заголовков
  • +3Пошаговые инструкции: 42 пунктов
  • +4Есть примеры (5 блоков кода)
  • +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (4 из 4)
  • +1Лицензия указана

База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 80.