BB ontology-term-resolution

Сопоставляет текстовые научные метки с идентификаторами терминов онтологии и проверяет существующие CURIE с помощью EBI Ontology Lookup Service (OLS4). Также ищет префиксы в Bioregistry, разрешает компактные идентификаторы через Identifiers.org, сопоставляет сокращения лабораторий с помощью ZOOMA и создает страницы терминов Ontobee. Используйте всякий раз, когда необходимо получить или проверить идентификатор онтологии — аннотирование полей ткани, типа клеток, заболевания, фенотипа, анализа, химического вещества, организма, пола или стадии развития; подготовка метаданных для отправки в GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA или ISA-Tab; аудит таблицы метаданных идентификаторов терминов; проверка, устарел ли термин и что его заменило; или выбор между HPO и HP. Триггеры включают «ontology term», «ontology ID», «CURIE», «controlled vocabulary», «UBERON», «CL:», «MONDO», «HPO», «EFO», «ChEBI», «NCBITaxon», «GO term», «PATO», «Zooma», «Bioregistry», «Identifiers.org», «Ontobee», «annotate this tissue/cell type/disease» и любой запрос на вывод или проверку идентификатора вида ПРЕФИКС:0001234.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Resolves free-text scientific labels to ontology term IDs and validate…»

Resolves free-text scientific labels to ontology term IDs and validates existing CURIEs against the EBI Ontology Lookup Service (OLS4). Also looks up prefixes in Bioregistry, resolves compact identifiers via Identifiers.org, maps lab shorthand with ZOOMA, and builds Ontobee term pages. Use whenever an ontology identifier must be produced or checked - annotating tissue, cell type, disease, phenotype, assay, chemical, organism, sex, or developmental stage fields; preparing metadata for GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, or ISA-Tab submission; auditing a metadata table of term IDs; checking whether a term is obsolete and what replaced it; or deciding HPO vs HP. Triggers include "ontology term", "ontology ID", "CURIE", "controlled vocabulary", "UBERON", "CL:", "MONDO", "HPO", "EFO", "ChEBI", "NCBITaxon", "GO term", "PATO", "Zooma", "Bioregistry", "Identifiers.org", "Ontobee", "annotate this tissue/cell type/disease", and any request to emit or verify an identifier shaped like PREFIX:0001234.

Сопоставляет текстовые научные метки с идентификаторами терминов онтологии и проверяет существующие CURIE с помощью EBI Ontology Lookup Service (OLS4).

Как процесс B 69/100 · Почти готов — слабые места: результат и критерий готовности, входы и предусловия, повторный запуск