SKILLEMALL.ai
GitHub ↗ EN Войти

AD phylogenetics

Строит и анализирует филогенетические деревья с использованием множественного выравнивания последовательностей MAFFT, максимального правдоподобия IQ-TREE с ModelFinder и поддержкой ветвей, а также приближенного вывода FastTree. Использует ETE3 для сводок и визуализации деревьев. Применяется к гомологичным нуклеотидным или белковым последовательностям, деревьям генов микроорганизмов, белковым семействам и с осторожностью интерпретируемым датированным филогениям.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Builds and analyzes phylogenetic trees using MAFFT multiple sequence a…»

Builds and analyzes phylogenetic trees using MAFFT multiple sequence alignment, IQ-TREE maximum likelihood with ModelFinder and branch support, and FastTree approximate inference. Uses ETE3 for tree summaries and visualization. Applies to homologous nucleotide or protein sequences, microbial gene trees, protein families, and cautiously interpreted dated phylogenies.

K-Dense-AI/claude-scientific-skills Agent Skills автор: K-Dense-AI MIT 3 файла · 1 скрипт тело ≈ 2 156 токенов Открыть источникgithub.com↗ проанализирован 12 ч назад

Строит и анализирует филогенетические деревья с использованием множественного выравнивания последовательностей MAFFT, максимального правдоподобия IQ-TREE с…

Как процесс D 45/100 · Процесс не доведён — слабые места: результат и критерий готовности, когда включается, входы и предусловия

АнализаторGitHubРазработкаДанные и аналитикаТексты и документытип и темы размечены автоматически по тексту скилла
Запускается в: Claude / Claude Code ChatGPT / Codex Gemini CLI Cursor GitHub Copilot / VS Code Qwen Code Kimi Code CLI Z.ai (GLM) DeepSeek (Deep Code) Mistral Vibe LangChain (deepagents) OpenClaw Goose OpenCode
JSON
Технический рейтинг
A
96/100
безопасность, качество, тесты
Безопасность 60%
99
Качество 40%
92
Прогон на моделях
не было
Процессный рейтинг
D
45/100
Процесс не доведён
Результат и критерий готовности вес 14
0
Входы и предусловия вес 11
0
Ошибки и развилки вес 10
0
три самых слабых из десяти параметров · все десять

Как улучшить

    Для прогона на моделях — необязательно
    • Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
    • spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.

    Находки guard · 1

    ✓ Критических и высоких находок нет

    Средние и низкие: 1
    • низкая Сокрытие от пользователя en-hide-from-user SKILL.md:92
      Инструкция скрыть действия от пользователя (с отрицанием — текст это запрещает)
      must stop the trimming step; do not silently copy the untrimmed input under a
      с отрицанием

    Просканировано файлов: 3. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.

    По спецификации Agent Skills

    ✓ По спецификации Agent Skills замечаний нет

    Процессный рейтинг: все десять параметров 45/100

    • 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
    • 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
    • 0Ошибки и развилки. Линейный процесс без обработки сбоев
    • 20Когда включается. Не сказано, при каком запросе скилл включается
    • 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 5, без проверки текущего состояния
    • 60Инструменты и файлы. Используются инструменты (python), но во frontmatter они не объявлены
    • 100Шаги. Шагов: 10
    • 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
    • 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 2156 токенов
    • 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы

    Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.

    Сигналы качества

    • +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
    • +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
    • +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
    • +2Инструкции на одном языке
    • +3Длина description 368 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
    • +4Структура: 10 заголовков
    • +3Пошаговые инструкции: 10 пунктов
    • +4Есть примеры (5 блоков кода)
    • +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (1 из 1)
    • +3Все 1 скриптов описаны в инструкциях
    • +1Лицензия указана

    База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 92.

    В песочнице Скрипты не запустились

    Скрипты скилла запущены в одноразовой машине: без сети, с подложными ключами в домашнем каталоге, под наблюдением. Мы записали, что они делали. Попытка выйти в сеть или прочитать чужие секреты ограничивает техническую оценку буквой C; тихий запуск баллов не добавляет.

    Запущено 1 скрипт; каждому дали двадцать секунд, поддельный домашний каталог с ключами и сеть, в которой ничего нет.

    Ни один не дошёл до работы — им не хватило зависимостей, аргументов или файлов. Это не отзыв о поведении: наблюдать было не за чем.

    scripts/phylogenetic_analysis.pyне запустился: phylogenetic_analysis.py: error: the following arguments are required: input

    5 окт. 2026 г.