BB amber-mmgbsa
Сквозное руководство по выполнению расчетов свободной энергии связывания MM/GBSA с использованием AmberTools/Amber на предварительно существующем комплексе рецептор-лиганд без выборки молекулярной динамики. Охватывает подготовку структуры, параметризацию лиганда GAFF2, построение топологии, генерацию однокадровой траектории, выполнение MMPBSA.py и интерпретацию результатов с явными границами неопределенности. Подходит для оценки кристаллических поз, быстрой оценки после докинга и декомпозиции энергии по механизму.
машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«End-to-end guide for running MM/GBSA binding free energy calculations…»
End-to-end guide for running MM/GBSA binding free energy calculations using AmberTools/Amber on a pre-existing receptor–ligand complex without molecular dynamics sampling. Covers structure preparation, GAFF2 ligand parameterisation, topology construction, single-frame trajectory generation, MMPBSA.py execution, and result interpretation with explicit uncertainty boundaries. Suitable for crystal-pose scoring, post-docking rapid screening, and mechanistic energy decomposition.
Сквозное руководство по выполнению расчетов свободной энергии связывания MM/GBSA с использованием AmberTools/Amber на предварительно существующем комплексе…
Как процесс B 70/100 · Почти готов — слабые места: результат и критерий готовности, когда включается, повторный запуск
Как улучшить
- Скажите в description, КОГДА применять скилл («используй, когда…», примеры запросов): это главный сигнал для агента.
- Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
- spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.
Находки guard · 0
✓ Критических и высоких находок нет
Просканировано файлов: 3. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.
По спецификации Agent Skills
- предупреждение
description-no-whendescription не говорит, КОГДА применять скилл (нет "use when / используй когда")
Процессный рейтинг: все десять параметров 70/100
- 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
- 20Когда включается. Не сказано, при каком запросе скилл включается
- 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 17, без проверки текущего состояния
- 70Входы и предусловия. Входные данные и предусловия перечислены
- 100Инструменты и файлы. Внешние инструменты не нужны
- 100Шаги. Шагов: 24
- 100Ошибки и развилки. Развилок: 2, есть раздел про ошибки
- 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
- 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 3972 токенов
- 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы
- low Разделов верхнего уровня: 10. Похоже на несколько доменов в одном скилле
Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.
Сигналы качества
- +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
- +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
- +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
- +1Лицензия не указана
- +2Инструкции на одном языке
- +3Длина description 479 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
- +4Структура: 37 заголовков
- +3Пошаговые инструкции: 24 пунктов
- +4Есть примеры (22 блоков кода)
База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 72.