AB pacsomatic
Набор инструментов оператора для пакетных рабочих процессов nf-core/pacsomatic для парных опухолевых и нормальных образцов из входных данных BAM. Используйте этот навык, когда пользователю нужно проверить входные данные запуска, сгенерировать образцы, соответствующие pacsomatic, подготовить воспроизводимые артефакты запуска Nextflow, запустить локально или отправить в планировщики (LSF/Slurm/PBS/SGE) и устранить сбои выполнения. Активируется по запросам на запуск pacsomatic, подготовку команд/скриптов запуска, проверку сухого запуска или устранение ошибок запуска конвейера и отправки в планировщик.
машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Operator toolkit for nf-core/pacsomatic matched tumor-normal workflows…»
Operator toolkit for nf-core/pacsomatic matched tumor-normal workflows from BAM inputs. Use this skill when the user needs to validate run inputs, generate pacsomatic-compliant samplesheets, prepare reproducible Nextflow launch artifacts, run locally or submit to schedulers (LSF/Slurm/PBS/SGE), and triage execution failures. Triggers on requests to run pacsomatic, prepare launch commands/scripts, perform dry-run checks, or troubleshoot pipeline startup and scheduler submission errors.
Набор инструментов оператора для пакетных рабочих процессов nf-core/pacsomatic для парных опухолевых и нормальных образцов из входных данных BAM.
Как процесс B 79/100 · Почти готов — слабые места: результат и критерий готовности
Как улучшить
- Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
- spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.
Находки guard · 0
✓ Критических и высоких находок нет
Просканировано файлов: 7. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.
По спецификации Agent Skills
✓ По спецификации Agent Skills замечаний нет
Процессный рейтинг: все десять параметров 79/100
- 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
- 60Ошибки и развилки. Развилок: 2
- 70Входы и предусловия. Входные данные и предусловия перечислены
- 100Инструменты и файлы. Внешние инструменты не нужны
- 100Шаги. Шагов: 51
- 100Когда включается. Сказано, когда применять и когда не применять
- 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
- 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 1092 токенов
- 100Повторный запуск. Изменяющих операций нет
- 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы
- low Разделов верхнего уровня: 10. Похоже на несколько доменов в одном скилле
Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.
Сигналы качества
- +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
- +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
- +2Инструкции на одном языке
- +4Описание говорит, когда скилл НЕ применять
- +3Длина description 489 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
- +4Структура: 11 заголовков
- +3Пошаговые инструкции: 51 пунктов
- +4Есть примеры (3 блоков кода)
- +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (3 из 3)
- +3Все 1 скриптов описаны в инструкциях
- +1Лицензия указана
База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 96.