CC structure-analysis

Обрабатывает файлы белковых структур и геометрические критерии, обеспечивая воспроизводимость подсчета остатков, контактов, водородных связей и интерфейсов, включая сравнение PDB и mmCIF, цепочек авторов и меток, нумерацию, HETATM, политику в отношении воды и лигандов, альтернативные положения, вставные коды, биологические сборки и асимметричную единицу, пороговые значения расстояний и углов для водородных связей, определения интерфейсов по расстоянию или площади погребенной поверхности, а также вызовы Biopython, MDAnalysis, gemmi, PyMOL и ChimeraX, которые их реализуют. Используйте всякий раз, когда задача считывает файл структуры и сообщает что-либо, полученное из координат атомов; используйте biopython для работы с последовательностями и навыки molecular-docking или structure-prediction для генерации структур.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Handles protein structure files and geometric criteria so that residue…»

Handles protein structure files and geometric criteria so that residue counts, contacts, hydrogen bonds and interfaces are reproducible, covering PDB versus mmCIF, author versus label chains and numbering, HETATM, water and ligand policy, alternate locations, insertion codes, biological assemblies versus the asymmetric unit, hydrogen-bond distance and angle cutoffs, interface definitions by distance or buried surface area, and the Biopython, MDAnalysis, gemmi, PyMOL and ChimeraX calls that implement them. Use whenever a task reads a structure file and reports anything derived from atom coordinates; use biopython for sequence work and molecular-docking or structure-prediction skills for generating structures.

Обрабатывает файлы белковых структур и геометрические критерии, обеспечивая воспроизводимость подсчета остатков, контактов, водородных связей и интерфейсов…

Как процесс C 57/100 · Есть пробелы — слабые места: результат и критерий готовности, входы и предусловия, ошибки и развилки