BC ontology-term-resolution

Разрешает научные метки в свободной форме в идентификаторы терминов онтологии и проверяет существующие CURIE с помощью EBI Ontology Lookup Service (OLS4). Также ищет префиксы в Bioregistry, разрешает компактные идентификаторы через Identifiers.org, сопоставляет сокращения лабораторий с помощью ZOOMA и создает страницы терминов Ontobee. Используйте всякий раз, когда необходимо создать или проверить идентификатор онтологии — аннотирование полей ткани, типа клеток, заболевания, фенотипа, анализа, химического вещества, организма, пола или стадии развития; подготовка метаданных для отправки в GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA или ISA-Tab; аудит таблицы метаданных идентификаторов терминов; проверка того, является ли термин устаревшим и чем он был заменен; или принятие решения HPO против HP. Триггеры включают «термин онтологии», «ID онтологии», «CURIE», «контролируемый словарь», «UBERON», «CL:», «MONDO», «HPO», «EFO», «ChEBI», «NCBITaxon», «GO term», «PATO», «Zooma», «Bioregistry», «Identifiers.org», «Ontobee», «аннотировать эту ткань/тип клеток/заболевание» и любой запрос на выдачу или проверку идентификатора вида ПРЕФИКС:0001234.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«Resolve free-text scientific labels to ontology term IDs and validate…»

Resolve free-text scientific labels to ontology term IDs and validate existing CURIEs against the EBI Ontology Lookup Service (OLS4). Also look up prefixes in Bioregistry, resolve compact identifiers via Identifiers.org, map lab shorthand with ZOOMA, and build Ontobee term pages. Use whenever an ontology identifier must be produced or checked - annotating tissue, cell type, disease, phenotype, assay, chemical, organism, sex, or developmental stage fields; preparing metadata for GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, or ISA-Tab submission; auditing a metadata table of term IDs; checking whether a term is obsolete and what replaced it; or deciding HPO vs HP. Triggers include "ontology term", "ontology ID", "CURIE", "controlled vocabulary", "UBERON", "CL:", "MONDO", "HPO", "EFO", "ChEBI", "NCBITaxon", "GO term", "PATO", "Zooma", "Bioregistry", "Identifiers.org", "Ontobee", "annotate this tissue/cell type/disease", and any request to emit or verify an identifier shaped like PREFIX:0001234.

Разрешает научные метки в свободной форме в идентификаторы терминов онтологии и проверяет существующие CURIE с помощью EBI Ontology Lookup Service (OLS4).

Как процесс C 64/100 · Есть пробелы — слабые места: результат и критерий готовности, входы и предусловия, повторный запуск