SKILLEMALL.ai

Рейтинг скиллов

887 скиллов. Оценка A–F складывается из безопасности (60%) и качества (40%), тесты дают бонус. Рейтинг пополняется автоматически из открытых каталогов.

887
#ОценкаСкиллБаллы ▾Безоп.КачествоПроцессТестыПопулярностьОбновлён
301B
Фильтрация прочтений по показателям качества, длине и содержанию N с использованием Trimmomatic и fastp. Применяйте обрезку по скользящему окну, удаляйте основания низкого качества с концов прочтений
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
302B
Контроль качества, фильтрация и нормализация одноклеточной РНК-сек с использованием Seurat (R) и Scanpy (Python). Используйте для расчета метрик контроля качества, фильтрации клеток и генов, нормализа
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
303B
Оценка доли циркулирующей опухолевой ДНК по данным мелкомасштабного полногеномного секвенирования с использованием ichorCNA. Обнаруживает изменения числа копий путем сегментации HMM и рассчитывает про
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
304B
Расчет статистики выравнивания, включая идентичность последовательности, оценки консервативности, матрицы замещения и метрики сходства. Используйте при сравнении качества выравнивания, измерении расхо
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
305B
Анализ вариабельности доступности мотивов факторов транскрипции с использованием chromVAR. Используйте при идентификации мотивов TF, которые показывают вариабельную доступность в образцах или условиях
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
306B
Контроль качества для объединенных CRISPR-скринов. Охватывает представление библиотеки, распределение прочтений, корреляцию реплик и восстановление необходимых генов. Используйте при оценке качества с
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
307B
Обнаруживает соматические мутации в циркулирующей опухолевой ДНК с использованием определителей вариантов, оптимизированных для низких аллельных фракций с подавлением ошибок на основе UMI. Надежно обн
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
308B
Навигация по иерархии белковых структур с использованием модели SMCRA Biopython Bio.PDB. Используйте при доступе к моделям, цепям, остаткам и атомам, итерации по уровням структуры или извлечении после
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
309B
Контроль качества и оценка протеомных данных. Используйте при оценке качества протеомных данных перед последующим анализом. Охватывает метрики образцов, закономерности пропущенных значений, корреляцию
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
310B
Удаление адаптеров секвенирования из файлов FASTQ с использованием Cutadapt и Trimmomatic. Поддерживает одноконцевые и парные прочтения, адаптерные последовательности Illumina TruSeq, Nextera и пользо
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
311B
Сервер Model Context Protocol (MCP) для биоинформатических веб-сервисов, таких как GEO, STRING и UCSC Cell Browser.
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
312B
Аннотирование пиков ChIP-seq геномными признаками и генами с использованием ChIPseeker. Присваивает пики промоторам, экзонам, интронам и межгенным областям. Находит ближайшие гены и рассчитывает расст
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
313B
Отслеживает динамику ctDNA во времени для мониторинга ответа на лечение с использованием серийных образцов жидкой биопсии. Анализирует тенденции опухолевой фракции, кинетику клиренса мутаций и определ
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
314B
Специализированный анализ липидомики для идентификации, количественной оценки и интерпретации путей липидов. Охватывает LC-MS липидомику с аннотацией LipidSearch, MS-DIAL и LipidMaps. Используйте при
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
315B
Анализ протеомики методом независимого от данных приобретения (DIA) с помощью DIA-NN и других инструментов. Используйте при анализе данных масс-спектрометрии DIA с рабочими процессами без библиотек ил
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
316B
Анализ посттрансляционных модификаций, включая фосфорилирование, ацетилирование и убиквитинирование. Охватывает локализацию сайтов, анализ мотивов и количественный анализ PTM. Используйте при анализе
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
317B
Анализ данных скрининга CRISPR Perturb-seq и CROP-seq, интегрированных с scRNA-seq. Используйте при идентификации функции генов посредством объединенных генетических пертурбаций в одиночных клетках.
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
318B
Выполнение геометрических расчетов на белковых структурах с использованием Biopython Bio.PDB. Используйте при измерении расстояний, углов и двугранных углов, наложении структур, расчете RMSD или вычис
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
319B
Загрузка и разбор форматов данных масс-спектрометрии, включая mzML, mzXML и выходные данные инструментов количественного анализа, такие как MaxQuant proteinGroups.txt. Используйте при начале протеомно
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
320B
Извлечение, обработка и дедупликация прочтений с использованием уникальных молекулярных идентификаторов (UMI) с помощью umi_tools. Используйте, когда подготовка библиотеки включает UMI и требуется точ
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
321B
Обнаружение и количественное определение транслированных ОРФ из данных Ribo-seq, включая uORF и новые ОРФ, с использованием RiboCode и ORFquant. Используйте при идентификации транслируемых областей за
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
322B
Снижение размерности и кластеризация для одноядерной РНК-секвенирования с использованием Seurat (R) и Scanpy (Python). Используйте для выполнения PCA, вычисления соседей, кластеризации с использование
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
323B
Генерация скриптов заданий SLURM `sbatch` и проверка запросов на ресурсы HPC (узлы, задачи, ЦП, память, ГП) для симуляционных запусков. Используйте при подготовке скриптов отправки, выборе макетов MPI
939591B—★ 3 04521 июл. 2026 г.
324B
Разбор и анализ множественных выравниваний последовательностей с использованием Biopython. Извлечение последовательностей, идентификация консервативных областей, анализ пробелов, работа с аннотациями
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
325B
Обнаружение сайтов связывания транскрипционных факторов посредством анализа футпринтов в данных ATAC-seq с использованием TOBIAS. Используйте при идентификации паттернов занятости ТФ в доступных облас
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
326B
Визуализация данных ChIP-seq с использованием deepTools, Gviz и ChIPseeker. Создание тепловых карт, профильных графиков и треков браузера генома. Визуализация сигнала вокруг пиков, TSS или пользовател
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
327B
Обнаружение дифференциального альтернативного сплайсинга между условиями с использованием rMATS-turbo (на основе BAM) или SUPPA2 diffSplice (на основе TPM). Отчеты о событиях со статистической значимо
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
328B
Анализ метилирования ДНК с помощью methylKit в R. Импорт файлов покрытия Bismark, фильтрация по покрытию, нормализация образцов и выполнение статистических сравнений. Используйте при анализе паттернов
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
329B
Расчет молекулярных дескрипторов и отпечатков с использованием RDKit. Вычисление отпечатков Моргана (ECFP), ключей MACCS, свойств Липинского, пригодности к лекарствам QED, TPSA и дескрипторов конформе
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
330B
Анализ избыточности Gene Ontology с использованием clusterProfiler enrichGO. Используйте при идентификации биологических функций, обогащенных в списке генов из дифференциальной экспрессии или других а
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
331B
Анализ обогащения путей KEGG и модулей с использованием clusterProfiler enrichKEGG и enrichMKEGG. Используйте при идентификации метаболических и сигнальных путей, обогащенных в списке генов. Поддержив
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
332B
Нормализация представления инсерций/делеций и разделение мультиллокусных вариантов с использованием bcftools norm. Используйте при сравнении вариантов от разных вызывающих программ или подготовке VCF
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
333B
Комплексный инструмент для метаболомных исследований для идентификации метаболитов, анализа исследований и поиска в базах данных метаболомики. Интегрирует HMDB (более 220 тыс. метаболитов), MetaboLigh
939983B—★ 3 04521 июл. 2026 г.
334B
Вызов вариантов числа копий с использованием рабочего процесса GATK в соответствии с лучшими практиками. Поддерживает как соматическое (опухоль-норма), так и зародышевое определение CNV из данных WGS
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
335B
Вызов вариантов с помощью GATK HaplotypeCaller в соответствии с лучшими практиками. Охватывает зародышевый вызов SNP/инсерций/делеций, рабочий процесс GVCF для когорт, совместное генотипирование и пер
9310082B—★ 3 04521 июл. 2026 г.
336B
Обогащение WikiPathways с использованием clusterProfiler и rWikiPathways. Используйте при анализе списков генов по отношению к курируемым сообществом открытым путям. Выполняет анализ избыточности и GS
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
337B
Выполнение поиска молекулярного сходства с использованием коэффициента Танимото по отпечаткам с помощью RDKit. Находит структурно схожие соединения, используя ключи ECFP или MACCS, и кластеризует моле
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
338B
Анализ альтернативного сплайсинга в одноядерном разрешении с использованием BRIE2 для вероятностной оценки PSI или leafcutter2 для кластерного анализа с обнаружением NMD. Идентифицирует специфичные дл
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
339B
Предварительная обработка данных секвенирования внеклеточной ДНК, включая обрезку адаптеров, выравнивание, оптимизированное для коротких фрагментов, и удаление дубликатов с учетом UMI с помощью fgbio.
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
340B
Таксономическая классификация метагеномных прочтений с использованием Kraken2. Быстрая классификация на основе k-меров по базе данных RefSeq. Используйте при выполнении первоначальной таксономической
9310082D—★ 3 04521 июл. 2026 г.
341B
Расчет статистик последовательностей (N50, распределение длин, содержание GC, сводные отчеты) с использованием Biopython. Используйте при анализе наборов данных последовательностей, генерации отчетов
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
342B
Выбор и применение схем численного дифференцирования для дискретизации PDE/ODE. Используйте при выборе схем конечных разностей/объемов/спектральных, построении шаблонов, обработке границ, оценке ошибк
939591C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
343B
Комплексный набор инструментов для подготовки документации по сертификации ISO 13485 для систем менеджмента качества медицинских изделий. Используйте, когда пользователям нужна помощь с документацией
9310082D—★ 3 04521 июл. 2026 г.
344B
Организация многосимуляционных кампаний, включая перебор параметров, пакетные задания и агрегацию результатов. Используйте для проведения параметрических исследований, управления пакетами симуляций, о
939591C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
345B
Комплексная аннотация вариантов с использованием bcftools annotate/csq, VEP, SnpEff и ANNOVAR. Добавляйте аннотации из баз данных, предсказывайте функциональные последствия и оценивайте клиническую зн
9310082D—★ 3 04521 июл. 2026 г.
346B
Исследование и оптимизация параметров симуляции с помощью планирования экспериментов (DOE), анализа чувствительности и выбора оптимизатора. Используйте для калибровки, исследований неопределенности, п
939591B—★ 3 04521 июл. 2026 г.
347B
Анализирует распределение размеров фрагментов cfDNA и характеристики фрагментомики с помощью FinaleToolkit или Griffin. Извлекает паттерны нуклеосомного позиционирования, соотношения фрагментов и проф
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
348B
Анализирует события переключения изоформ и их функциональные последствия с помощью IsoformSwitchAnalyzeR. Предсказывает изменения доменов белков, чувствительность к NMD, изменения ORF и сдвиги кодирую
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
349B
Проводит структурный виртуальный скрининг с использованием AutoDock Vina 1.2 для молекулярного докинга. Подготавливает файлы PDBQT рецептора, генерирует конформеры лиганда, определяет боксы сайта связ
9310082C—★ 3 04521 июл. 2026 г.
350B
Выбирает и настраивает методы временной интеграции для симуляций ОДУ/УрОДУ. Используйте при выборе явных/неявных схем, установке допусков на погрешность, адаптации временных шагов, диагностике точност
939591B—★ 3 04521 июл. 2026 г.

Описания переведены автоматически; оригинал — на странице скилла.